V. cholerae đã được sử dụng trong các khám phá về nhiều RNA nhỏ của vi khuẩn. Sử dụng sRNA-Seq và ứng viên sRNA ứng cử viên phía Bắc đã được xác định và đặc trưng là IGR-sRNA (vùng intragenic), AS-sRNA (được phiên mã từ chuỗi antisense của [[khung đọc mở (ORF) và có nguồn gốc ORF.[26] Một trong những ứng cử viên từ nghiên cứu này, IGR7, đã được chứng minh có liên quan đến chuyển hóa carbon và sau đó đổi tên thành MtlS RNA. Các sRNA khác được xác định trong V. cholerae thông qua sàng lọc di truyền và phương pháp tính toán bao gồm RNA Qrr, RNA điều hòa Vibrio của OmpA, MicX sRNA, Vibrio cholerae ToxT RNA hoạt hóa, RNA tfoR và VqmR sRNA.